В центре сюжета сериала "Алиса в Пограничье" - Арису, молодой парень, который проводит большую часть своей жизни за компьютером. Он страдает от социофобии и почти никогда не выходит из дома. Но однажды, после очередной ссоры с отцом, он решает уйти из дома и отправиться на прогулку с друзьями - Карубэ и Чота. Вместе они попадают в неприятную ситуацию и вынуждены спрятаться в общественном туалете.
Когда они выходят наружу, они обнаруживают, что весь Токио опустел. Но это еще не все - вскоре они понимают, что оказались в мире компьютерных игр. Теперь им придется бороться за свою жизнь, проходить различные уровни и сражаться с опасными противниками. Их единственная цель - выжить, потому что каждая проигранная игра может стать последней для них.
Арису и его друзья становятся настоящими героями в этом мире. Они учатся работать в команде, развивают свои навыки и находят новые способы выживания. Но каждый уровень становится все сложнее и опаснее, и им приходится пройти через много испытаний, чтобы добраться до финальной цели.
